据文献记载，元朝的宫殿建筑中有一座紫檀殿，采用亦黑迷失进献的紫檀木建筑而成。元朝王士点所撰的《禁扁》一书曾专门记载了元大都各个宫殿的殿名，其内就有“紫檀（西）”殿之名。说起紫檀殿，不能不简要地谈一下元大都的宫殿。元世祖忽必烈继位后，自上都（和林）迁往大都，元大都开始兴建于至元四年（公元1267年），在金中都东北郊外以琼华岛以金大宁宫一带为中心建设一座新城，大都城由刘秉忠等人主持规划，他们按古代汉族传统都城的布局进行设计，历时八年建成。
在修建大都的同时，元朝的宫殿也开始了紧锣密鼓地施工。大都城由外城、皇城及宫城三套城组成，其中元朝的宫殿是大都城中的主要建筑。元朝大都的宫殿，是陆续修建完成的。“至元十年（公元1271年）十月初建正殿、寝殿、香阁、周庑，两翼室。十一年（公元1274年）正月朔，宫阙告成……元至元二十八年（公元1291年）三月……发侍卫兵营紫檀殿。”
元大都宫殿内有许多独具特色的建筑，而紫檀殿就是其中一座。从“至元二十八年三月……发侍卫兵营紫檀殿”这则史料看，紫檀殿修建年代要晚于元大内其它宫殿，建于至元二十八年。而陶宗仪的《南村辍耕录》对紫檀殿的记载最为详细具体。“文思殿在大明寝殿东，三间，前后轩，东西三十五尺，深七十二尺。紫檀殿在大明寝殿西，制度如文思，皆以紫檀香木为之，缕花龙涎香，间白玉饰壁，草色髹绿，其皮为地衣。”从陶氏所记可知紫檀殿的装修极为讲究，陶氏文中记载紫檀殿的“制度如文思”，说明紫檀殿的尺寸与大明寝殿东侧的文思殿一样，东西长三十五尺，南北深七十二尺。紫檀殿的整体建筑“以紫檀香木为之”，除采用极品硬木——紫檀木建造外，又在殿内装饰缕花龙涎香，在墙壁上镶嵌有晶莹剔透的白玉，可谓不计工本，极尽奢华，可以想见当年这座宫殿金碧辉煌、流光溢彩的盛景。
紫檀殿建成后，元代帝王曾在此召见高丽王世子及从臣，赐宴饮酒，此外，一些祈祥求瑞的巫术活动也在此进行。《朝鲜史略》记载：高丽忠烈王十七年（即元世祖至元二十八年），元世祖于紫檀殿内召见高丽忠烈王世子及从臣。“帝召见世子于紫檀殿，御案前有物，大圆小锐，色洁而贞，高可尺有五寸，内可受酒数斗，乃摩诃钵国所献骆驼鸟卵也。帝命世子观之，仍使可臣赋诗以进。可臣献诗曰：‘有卵大如瓮，中藏不老春。愿将千岁寿，醺及海东人。’帝嘉之，辍赐御羹。”
另据史载，“高丽忠烈王十八年（元世祖至元二十九年）八月，遣郎将秦良弼押咒人巫女如元，帝召之也。九月，帝御紫檀殿引见，世子令咒人巫女等入殿执帝手足咒之，帝笑。”
从上述文献记载来看，元代帝王于紫檀殿内召见高丽王世子及从臣，赏赐御羹，又在此秘招高丽巫女咒人，祈祥求瑞，或在此殿豪饮无度，可见紫檀殿并非元代帝王处理朝政、举行重大朝会活动的正殿，而是属于款待藩属、秘作符咒、或暴殄豪饮之所，元代帝王的一些与朝会政事无关的活动选在此殿进行。
紫檀殿虽非正殿，但它在元朝宫殿中的地位非同一般，元朝世祖皇帝忽必烈最后病逝之所，就是在紫檀殿内。元世祖至元“三十一年（公元1294年）春正月壬子朔，帝不豫，免朝贺。癸亥，知枢密院事伯颜至军中。庚午，帝大渐。癸酉，帝崩于紫檀殿。”元世祖皇帝忽必烈病情危笃后，于紫檀殿内辞世，正说明了该殿在世祖皇帝去世前的病情加重时刻，为世祖皇帝的就寝休憩之寝殿，紫檀殿在元代皇宫里的重要性于此可见一斑。